El género Reithrodontomys esta formado por 20 especies divididas en dos subgéneros: Reithodontomys y Aporodon (Hall, 1981; Musser and Carleton,1993). Trece de las especies del género (65%) ocurren en México y tres de ellas (30%) son endémicas. Su distribución se extiende desde el suroeste de Canadá hasta el oeste de Colombia y Ecuador. El trabajo más completo sobre la sistemática del género fue realizado por Hooper (1952) con base en información morfológica y de distribución. Estudios más recientes han abordado el tema de las relaciones filogenéticas de algunas especies usando marcadores moleculares. Estos trabajos sugieren que el género y el subgénero son efectivamente monofiléticos, pero tal parece que la organización dentro de cada subgénero no coincide con los grupos de especies antes propuestos (Arellano 1994). Además, se reportó que existe considerable variación intraespecífica en poblaciones mexicanas de R. microdom, R. fulvescens y R. mexicanus. El grado de variación genética sugiere que las diferentes poblaciones podrían presentar diferentes entidades taxonómicas. Al igual que en otros grupos, las tierras altas del centro de México parecen ser un importante centro de divergencia para este género . De acuerdo con Hooper, los dos subgéneros se diferenciaron a consecuencia del establecimiento de una barrera geográfica en la región del Istmo de Tehuantepec. Estas ideas son apoyadas por los patrones ecogeográficos descritos por Sánchez (1993) para las especies distribuidas en México. Este panorama muestra que las especies reconocidas del género Reithrodontomys probablemente no fueron unidades discretas. Es también claro que las relaciones filogenéticas dentro de cada subgénero son inciertas. Con base en esto, es necesario tener una hipótesis mas sólida de las relaciones dentro del género que permita identificar las unidades taxonómicas naturales en este grupo de roedores. Los patrones biogeográficos derivados de la historia evolutiva de este género, una vez corroborados con otros taxa, podrán ser utilizados para detectar áreas de endemismo y en consecuencia áreas prioritarias de conservación.
