El Museo de Historia Natural Alfredo Dugés posee una de las colecciones mejor conservadas del siglo XIX. Sin embargo, no ha tenido la atención y cuidados necesarios y un trabajo curatorial serio por lo que no se tienen catálogos y mucha de la información original se ha perdido (Maldonado-Kroerdel, 1948; Flores-Villela y Hernández, 1992). Los ejemplares de la colección tienen más de 100 años en promedio, la más antigua de 1,872, la colección posee ejemplares tipo de anfibios y reptiles, representan la flora y la fauna de la región así como de otras partes del mundo. Recientemente, se inició un inventario preliminar para establecer el número aproximado de ejemplares y su estado de conservación. Hasta el momento se tienen registrados 4,250 especimenes, sin incluir el herbario y material óseo que falta de limpiar e inventariar, por lo que estimamos que cuenta con más de 5,000 ejemplares. El material inventariado corresponde a los siguientes phyla: Porifera, Cnidaria, Platelmintes, Nematoda, Nematomorpha, Mollusca, Annelida, Arthropoda, Equinodermata y Chordata, de los cuales el mejor representado es el de los cordados y de estos la clase mejor representada es la de los anfibios y reptiles. La mayoría de los ejemplares se encuentran en buen estado, algunos han perdido su información original y en otros es ilegible. No se tienen ningún trabajo de catalogación y de formación de base de datos y el trabajo curatorial apenas inició recientemente pues solo se mantenía la colección con naftalina. Hasta el momento la colección no ha recibido apoyo por parte de alguna Institución. Sin embargo se cuenta con la colaboración de investigadores del Instituto de Biología de la UNAM, del Museo de Zoología de la Facultad de Ciencias de la UNAM y del Herbario de la Universidad de Aguascalientes.
