En los arrecifes coralinos habitan innumerables especies de flora y fauna, probablemente en mayor número que en cualquier otro ecosistema, por lo que en diversas ocasiones han sido considerados como uno de los ambientes más diversos, productivos y complejos del medio marino. En Quintana Roo, los arrecifes coralinos cubren una extensión de aproximadamente 650 km y constituyen un recurso de enorme valor para las actividades pesqueras y turísticas; además de que representan el Sistema Arrecifal Mesoamericano en México. El presente proyecto tuvo como finalidad actualizar la información sobre el estado en que se encontraban 5 áreas naturales protegidas marinas del caribe mexicano y una zona de influencia, esto en términos biológicos, físicos y ecológicos. Dichas zonas son el Parque Nacional Arrecifes de Puerto Morelos (PNAPM), la Reserva de la Biósfera Sian Ka''an y la Reserva de la Biósfera Arrecifes de Sian Ka''an (RBSK-RBASK), la Reserva de la Biósfera Banco Chinchorro (RBBCH), el Parque Nacional Arrecifes de Xcalak (PNAX) y el área de influencia Arrecifes de Mahahual. Dos de éstas (PNAPM, RBBCH) contaban con información reciente de caracterización; mientras que las otras (PNAX, RBSK-RBASK, AM) requerían de una evaluación actualizada. La caracterización biológica y ecológica se realizó con transectos submarinos de 10 m para estimar la estructura comunitaria de algas, corales duros y gorgonias; y de 30 m para los peces arrecifales. La caracterización física se llevó a cabo a través de visitas de campo para la obtención de datos batimétricos, así como con la ayuda de imágenes aéreas y de satélite, que fueron analizadas con un Sistemas de Información Geográfica. Esto permitió la elaboración de una clasificación de hábitats preliminar y finalmente un mapeo del bentos; con la que se mostró la distribución de los diferentes ambientes marinos. Esta caracterización física, conjuntamente con la caracterización biológica, los antecedentes de monitoreo y las necesidades de monitoreo de cada ANP, constituyeron la base para elaborar una propuesta de plan de monitoreo a mediano plazo.
